El Jardín Botánico de Vallarta se encuentra en la Región Terrestre Prioritaria Chamela-Cabo Corrientes (No.63) delimitada por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad de México (CONABIO). Desde sus inicios, la restauración ecológica de la zona ha sido una prioridad, pues anteriormente estos terrenos eran usados como potreros y campos de cultivo de agave, sin embargo ahora está cubierta con vegetación exuberante que incluye una importante cantidad de especies arbóreas nativas, como las que forman parte de los Consorcios de Conservación Global de Encinos y Magnolias de la Botanic Gardens Conservation International (BGCI) y de la Red Internacional de Arboretums ArbNet, certificada en el Nivel I.  

En 2008, el Jardín Botánico de Vallarta promovió el primer inventario de las orquídeas de la Cuenca del Río Los Horcones, junto a investigadores de la Universidad de Guadalajara, en el cual se documentaron 50 especies nativas. En el año 2009 Jesús Reyes, Director General de este Jardín Botánico, inició un Laboratorio experimental de micropropagación, con la finalidad de reproducir especies nativas y ornamentales, principalmente orquídeas, para su conservación ex situ en el VBG. En el 2018 renovó el laboratorio y adquirió equipo especializado para el cultivo in vitro. Actualmente, se cultivan 27 especies de 15 géneros, 10 de las cuales son nativas de México. La experiencia y trabajo constante ha consolidado el VBG como la principal organización de la zona en el cultivo in vitro de orquídeas nativas, que en 2023 ganó el financiamiento Leon Levy del Global Botanic Garden Found BGCI con el proyecto “In vitro propagation of four Encyclia species native to western Mexico at the VBG”.